旧来の、webrootにfavicon.ico、favicon.svgを置く方法だったので、すべてのブックマークアイコンがおなじになり、見分けがつきづらい状態でした。そのため、faviconをそれぞれに分けました。
それぞれの/skin/pukiwiki.skin.cssにfavicon設定がありますので、webrootからのパスでicoファイルを指定します。
それぞれの/image/に64x64程度のicoファイル(PNGをICOに変換が便利です。)を置いて設定すればいいです。
外観→カスタマイズ→基本情報→サイトアイコンで設定できます。大きさに推奨があるので、それに揃えました(拡大はwaifu2xが便利です。)。
意外とfaviconはアップデートされないので、以下を消して、CheckMarksなどのプラグインで一気にロードします。
「ヘルプ」→「トラブルシューティング」→「アプリケーション基本情報」→「フォルダーを開く」 そのフォルダから、favicons.sqlite、places.sqliteを消す。